Wiosną 1940 r. zamek został w ciągu kilku tygodni przekształcony w nazistowski zakład eutanazji w ramach późniejszej „Akcji T4”. Byli mieszkańcy zamku zostali w tym czasie przewiezieni do innych domów opieki w Gau Oberdonau. Mieli oni stać się pierwszymi ofiarami ośrodka zagłady w Hartheim.
Morderstwa w komorze gazowej z użyciem tlenku węgla rozpoczęły się w maju 1940 r. Podobnie jak w innych ośrodkach zagłady T4, dyrektorem w Hartheim został lekarz Rudolf Lonauer z Linzu. Jego zastępcą był Georg Renno. Policjant wyznaczony na „kierownika biura” był odpowiedzialny za sprawne funkcjonowanie i biurokrację. Podlegali mu sanitariusze, pracownicy biurowi, kierowcy i wiele innych osób, które były w dużej mierze odpowiedzialne za realizację i maskowanie zabójstw. W latach 1940-1944 w zamku Hartheim zamordowano około 30 000 osób. Z jednej strony były to osoby niepełnosprawne fizycznie i umysłowo, a także chore psychicznie, które przebywały w zakładach psychiatrycznych, domach opieki lub domach pomocy społecznej („Akcja T4”). Z drugiej strony, do Hartheim przywożono więźniów z obozów koncentracyjnych Mauthausen-Gusen, Dachau i Ravensbrück, którzy nie nadawali się do pracy („Aktion 14f13”, także „Sonderbehandlung 14f13”), a także cywilnych robotników przymusowych z Europy Wschodniej i Związku Radzieckiego.
Szkic parteru Schloss Hartheim z okresu 1940-1944. Opracowanie własne na podstawie: szkicu z wizji lokalnej Policji Kryminalnej w Linzu, zeznań Vincenza Nohela (palacz zwłok), Adama Gołębskiego (więzień KL Mauthausen) oraz Helene Hintersteiner (sekretarka dr Lonauera).
KL Mauthausen, Centrala Badania Zbrodni Wojennych 3 Armii USA, Biuro Sędziego Adwokata. Raport z dochodzenia w sprawie domniemanych zbrodni wojennych, 17.06.45.
Jedyne znane zdjęcie przedstawiające ciemny dym unoszący się z komina krematorium wykonane przez mieszkającego w sąsiedztwie zamku Karla Schuhmanna w 1940 lub 1941 roku.
Zacieranie śladów zbrodni
W sprawie tajemnicy Zamku Hartheim, Golebski Adam [pisownia oryginalna], wyzwolony z obozu koncentracyjnego Mauthausen, zeznaje:
Tajemnica Zamku Hartheim
13 grudnia 1944 pojechaliśmy ciężarówką w sile 20 więźniów do Zamku Hartheim, 27 km na zachód od Linzu. Tam wjechaliśmy do drewnianej szopy pokrytej z wierzchu papą, którą można było szczelnie zamknąć i która nie miała okien. Szopa ta prowadziła bezpośrednio na parter zamku, a stamtąd na dziedziniec. Pierwszą rzeczą, która rzuciła się w oczy, był fabryczny komin o wysokości 26 metrów. Nie było go widać z zewnątrz, ponieważ zasłaniały go wysokie na 3 piętra mury zamku. Na parterze po prawej stronie znajdowała się kuchnia i spiżarnia. Po lewej stronie znajdowały się piece centralnego ogrzewania, warsztat stolarza, magazyn z trunkami, chłodnia i sala, w której nas ulokowano. Z tej sali drzwi prowadziły do wieży zamku, gdzie urządzone było atelier fotograficzne. Z tego pokoiku drzwi prowadziły do kolejnego, który wyglądał jak mała łaźnia. Wejście było bardzo małe, drzwi wykonane z żelaza i uszczelnione gumą, zamknięcie stanowiły masywne zasuwy, a w drzwiach znajdował się wizjer. Ściany tego pomieszczenia były wyłożone kaflami do połowy wysokości i znajdowało się tam sześć natrysków. Z tego pomieszczenia podobne drzwi prowadziły do niewielkiej kabiny, w której znajdowała się aparatura gazowa, zbiorniki z gazem i rozmaite gazomierze (zegary). Z tej komory gazowej drzwi prowadziły do większej sali, której ściany były do połowy wyłożone kaflami. Stał tu stół, tu znaleźliśmy protokół z sekcji zwłok. Z tej sali drzwi prowadziły do krematorium, w którym znajdował się piec z dwoma paleniskami. Na lewo od wejścia znaleźliśmy zwał popiołów z fragmentami ludzkich kości w wielkości około 60 tutejszych pojemników na śmieci. Był tam również elektryczny młynek do kości, który służył do mielenia większych resztek ludzkich szczątków pozostałych po spaleniu zwłok w piecu krematoryjnym.
W zamkowym garażu znaleźliśmy ubrania dziecięce, damskie i męskie w wielkości załadunku czterech jednokonnych wozów.
W ogrodzie, w dole wypełnionym gruzem, znaleźliśmy wiele blaszek z numerami więźniów z K.L. Mauthausen oraz szczątki ludzkich kości.
Na pierwszym piętrze znajdowały się mieszkania SS. Komendantem był lekarz SS w stopniu Obersturmführera. Kierownikiem krematorium był SS-H-scha [Hauptscharführer], którego nazwiska niestety nie znam. Wszyscy byli ubrani w cywilne ubrania. Jedna z sal była wyposażona w duże lampy reflektorowe, wiele łóżek, na niektórych były jeszcze ślady krwi. Ta sala była prawdopodobnie wykorzystywana do przeprowadzania tajemniczych eksperymentów medycznych. Kiedy zabrałem kufer z instrumentami chirurgicznymi do mieszkającego nieopodal chłopa, zauważyłem na tym kufrze etykietkę z nazwiskiem Dr Benno [Renno].
Rozebraliśmy komin i wywieźliśmy część gruzu pod drzewa na podwórzu. W łaźni usunęliśmy kafle ze ścian i wszystkie narzędzia, które z pewnością służyły do mordowania. Nasza praca trwała 8 dni. Murarze przywrócili pomieszczenia do dawnego stanu i wytynkowali i pobielili ściany. Według wypowiedzi H-scha, ten aranżacja pomieszczeń funkcjonowała przez cztery lata. Część mebli została przewieziona do Mauthausen, a część do domku myśliwskiego [Haus Schoberstein] należącego do księcia Stahrenberg [Starhemberg] w Wiesenbach nad Ata-See [Weißenbach am Attersee], oddalonego około 130 km od Hartheim.Po raz drugi pojechaliśmy tam 2 stycznia 1945 roku i przez 10 dni kontynuowaliśmy prace nad przywróceniem zamkowi jego dawnego wyglądu. Jedne drzwi zamurowaliśmy, inne wybiliśmy w ścianie itd.
Obecnie utworzono w tym miejscu ośrodek dla dzieci. Pod koniec naszego pobytu przywieziono 35 dzieci, 6 pielęgniarek i 1 nauczycielkę. Było tam miejsce dla 400 dzieci.
Obawialiśmy się, że SS nas zlikwidują, to jest zamordują, aby zachować tajemnicę, tym bardziej, że zabronili nam mówić o tym, co tu widzieliśmy i co robiliśmy.
Oprócz siebie wymieniam następujących świadków: Ogorzelski Brunon, Szmulewicz Władysław, Smiglewski Brunon [pisownia oryginlna]. Wszyscy byli więźniami K.L.M., którzy, jak wyżej podano, pracowali ze mną.